Fadjroel bersama kawan-kawannya juga beraksi menolak kedatangan Rudini yang saat itu menjabat sebagai menteri dalam negeri, dan menuntut turunnya Jenderal (purn) Soeharto sebagai Presiden karena kediktatorannya.
Buntutnya Fadjroel bersama lima rekan lainnya ditangkap. Mereka mendekam di ruang tahanan Bakorstranasda selama satu tahun sebelum akhirnya dijatuhi hukuman tiga tahun penjara. Ia terlibat Gerakan Lima Agustus ITB (1989) yang menuntut penurunan Soeharto dan menjadi tahanan politik berpindah-pindah 6 (enam) penjara termasuk Sukamiskin dan Nusakambangan.
Baca Juga: Jumhur Hidayat dan Fadjroel Rachman, Dua Mahasiswa ITB Ini Dulu Dipenjara Bareng
Usai reformasi, Fajroel Rachman aktif mengkritik pemerintahan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY).***